結局templateクラスを配列で管理する為に、void*でインスタンス化したtemplateクラスの配列で管理していたんですが、これだと上手くいかないので、templateクラスのI/Fをもった基底クラスを新規に用意してそのクラスの配列にする事により、VC++ 2005以降でもdynamic_cast出来るように修正しました。
ただ、このtemplateクラスはプロジェクトのあらゆる所で使われており、ヘッダをいじるとビルドするのに15分以上掛かる。templateクラス及び新規に追加した基底クラスを実装するのにひたすらリビルドが掛かりまくって4時間も掛かりましたorz